Битрикс выбрать основной раздел и несколько других у элемента

Для привязки элемента к нескольким разделам по средствам API Битрикс, необходимо использовать метод CIBlockElement::Update.

В настройках инфоблока указываем "Привязка к разделам" и отмечаем "Разрешить выбор основного раздела для привязки"

Используя конструкцию вида $res = $el->Update

получаем примерный код:

$ID = 5 // ид товара или элемента который необходимо обновить

$ELEM = Array('NAME'=>'супер товар','IBLOCK_SECTION_ID' => 15,'IBLOCK_SECTION'=>array(15,25,5));//  массив полей которые мы хотим изменить

$el = new CIBlockElement;
$res = $el->Update($ID, $ELEM);

Готово! элементу с ИД 5, назначен родительский раздел с ИД 15, и также он доступен в разделах с ИД 25 и 5.